Ellen J. Eftestøl ble cand. jur. fra Universitet i Oslo 1995 hvor hun også avla den juridiske doktorgraden med avhandlingen "Fra etterprovisjon til avgangsvederlag". Handelsagentens sluttoppgjör i et historisk og komparativt perspektiv”.

Fra 2004 har hun jobbet som forsker ved Nordisk Institutt for Sjørett og fra 2010 også ved Helsingfors universitet. Hun ble utnevnt til Professor i sivil- og handelsrett ved Universitetet i Helsingfors i 2016 og som professor II ved nordisk institutt for sjørett i 2017. Hun leder den interdisiplinære forskningsgruppen INTERTRAN som arbeider med bærekraftig utvikling innen jus og økonomi.

Fra 2021 er hun fagredaktør for Karnovs digitale lovkommentar for sjø- og transportrett samt forfatter av samme forlags digitale kommentar til agenturloven. Ellen J. Eftestøl er også rapportør for European Transport Law Review.