Ellen J. Eftestøl ble cand. jur. fra Universitet i Oslo 1995 hvor hun også avla den juridiske doktorgrad med avhandlingen ”Fra etterprovisjon til avgangsvederlag. Handelsagentens sluttoppgjör i et historisk og komparativt perspektiv”.

Fra 2004 har hun jobbet som forsker ved Nordisk Institutt for Sjørett og fra 2010 også ved Helsingfors universitet. Hun ble utnenvt til professor i civil oghandelsrett ved Helsingfors universitet i 2016 og som professor II ved nordisk insitutt for sjørett i 2017. Hun leder den interdisiplinære forskningsrguppen INTERTRAN som arbeider med bærekraftig utvikling innen jus og økonom.

Fra 2021 er hun fagredaktør for Karnovs digitale lovkommentar for sjø- og transportrett samt forfatter av samme forlags digitale kommentar til agenturloven. Ellen J. Eftestøl er også rapportør for European Transport Law Review.